Aby plik był rozpoznany przez serwer WWW jako skrypt PHP musi on mieć odpowiednie rozszerzenie. Rozszerzenia te można zdefiniować w konfiguracji serwera WWW, ale zazwyczaj jest to .php3 (dla PHP w wersji 3), .php lub php4 (dla PHP w wersji 4) i .phtml (dla PHP w wersji starszej niż 3). Po nadaniu plikowi takiego rozszerzenia serwer będzie wiedział, że plik ten nie jest przeznaczony do bezpośredniego wyświetlenia (jak w przypadku plików HTML), ale że najpierw trzeba go przepuścić przez parser PHP.
Jeśli zwykłemu plikowi HTML nadamy rozszerzenie .php, to zostanie on prawidłowo wyświetlony, mimo że nie jest to skrypt PHP. Dzieje się tak dlatego, że parser PHP przetwarzając stronę ma 2 tryby pracy: HTML, gdzie cała treść jest wyświetlana, bez przetwarzania, i PHP, gdzie treść jest traktowana jako skrypt do przetworzenia. Do określenia w pliku co jest kodem HTML a co PHP służą specjalne znaczniki. Początkowo parser jest w trybie HTML. Aby przejść do trybu PHP można użyć jednego z czterech znaczników:
<? echo ("to jest najprostsza metoda, podobna do SGML'a"); ?>
<?php echo("jeśli serwujesz pliki XML, użyj tej metody"); ?>
<script language="php">
echo ("niektóre edytory (np. FrontPage) nie lubią przetwarzania instrukcji");
</script>
<% echo ("Możesz też użyć metody podobnej do tej z ASP"); %>
<%= $variable; # To jest skrót dla "<% echo ..." %>